Najwyższą władzą Stowarzyszenia jest Walne Zebranie Członków, w którego skład wchodzą wszystkie jednostki samorządowe zrzeszone w Obszarze Metropolitalnym Gdańsk-Gdynia-Sopot. Są one reprezentowane przez swoich przedstawicieli - wybieranych na mocy uchwał Rad Miast, Powiatów i Gmin. Walne Zebranie Członków zwoływane jest przynajmniej raz do roku.

Warto zaznaczyć, że głosy uczestników Walnego Zebrania Członków są sobie równe. Jeden głos należy się zarówno blisko półmilionowemu miastu, jakim jest Gdańsk, jak i kilkutysięcznym gminom takim jak Ostaszewo, Lichnowy, Sulęczyno czy Linia.

Do najważniejszych kompetencji Walnego Zebrania Członków należy uchwalanie programu działania Stowarzyszenia OMG-G-S, uchwalanie i wprowadzanie zmian w jego Statucie, wybór Zarządu Stowarzyszenia oraz udzielanie absolutorium z jego działalności.