Zarząd jest organem wykonawczym Stowarzyszenia, który kieruje jego bieżącą działalnością i reprezentuje Obszar Metropolitalny Gdańsk-Gdynia-Sopot na zewnątrz. Wybierany jest w demokratycznym głosowaniu przez Walne Zebranie Członków, a jego kadencja równa jest kadencji władz jednostek samorządu terytorialnego.

Według Statutu Stowarzyszenia Zarząd składa się z nie więcej niż dwunastu i nie mniej niż sześciu osób, w tym z Prezesa, Wiceprezesa i Skarbnika. Obecnie w jego składzie zasiadają:
 

Paweł Adamowicz Prezes Zarządu OMG-G-SPrezydent Miasta Gdańska

 

Wojciech SzczurekWiceprezes Zarządu OMG-G-SPrezydent Miasta Gdyni

 

Jacek KarnowskiWiceprezes Zarządu OMG-G-SPrezydent Miasta Sopotu

 

Hanna BrejwoSkarbnik OMG-G-SWójt Gminy Pszczółki

 

Jacek MichalskiCzłonek Zarządu OMG-G-SBurmistrz Nowego Dworu Gdańskiego

 

Mirosław PobłockiCzłonek Zarządu OMG-G-SPrezydent Miasta Tczewa

 

Mirosław Jan Czapla Członek Zarządu OMG-G-SStarosta Powiatu Malborskiego

 

Gabriela LisiusCzłonek Zarządu OMG-G-SStarosta Powiatu Wejherowskiego

 

Jarosław Białk Członek Zarządu OMG-G-SStarosta Powiatu Puckiego

 

Bogdan ŁapaCzłonek Zarządu OMG-G-SWicestarosta Powiatu Kartuskiego

 

Krzysztof HildebrandtCzłonek Zarządu OMG-G-SPrezydent Miasta Wejherowa