W ramach OMGGS działają komisje tematyczne, które skupiają przedstawicieli poszczególnych gmin – członków stowarzyszenia. Misją komisji jest rozwiązywanie lokalnych problemów na poziomie metropolitalnym, kreowanie współpracy między samorządami i biurem OMGGS, a także realizacja strategii metropolii. Komisje zajmują się tworzeniem wspólnych polityk metropolitalnych, a także wypracowywaniem standardów postępowania w zakresie administracji publicznej, opiniowaniem zmian prawnych, realizacją wspólnych projektów inwestycyjnych, planistycznych, kulturalnych czy edukacyjnych.
Przy OMGGS działa pięć komisji tematycznych:
Komisja ds. Administracji i Finansów
Komisja ds. Kultury
Komisja ds. Infrastruktury i Środowiska
Komisja ds. Strategii Metropolii
Komisja ds. Społeczno-Gospodarczych
Zakres prac komisji obejmuje:
- spotkania konsultacyjne i informacyjne,
- rekomendacje na potrzeby decyzji podejmowanych przez Radę,
- organizację konferencji, szkoleń i warsztatów,
- organizację spotkań przeglądowych na temat projektów metropolitalnych,
- opiniowanie pomysłów Biura OMGGS,
- wymianę dobrych praktyk między członkami OMGGS,
- włączanie partnerów biznesowych, naukowych, pozarządowych i samorządowych w we współpracę.